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angle-left Gregory Fonseca, Ph. D.

Scientifique junior, IR-CUSM

Programme de recherche translationnelle sur les maladies respiratoires

Centre de biologie translationnelle

 

Mots-clés


machine learning • transcriptomics • epigenomics • alveolar macrophages

Aire de recherche


L’inflammation est au centre de plusieurs maladies. Elle représente un processus de signalisation transmis par des douzaines de molécules de signalisation sous forme de plusieurs combinaisons. Notre laboratoire se concentre sur la compréhension des types d’inflammation dans les poumons menant à la maladie. Nous utilisons des modèles d’apprentissage par machine sur des ensembles de données de nouvelle génération pour prédire les tendances associées à l’activation des cytokines et les utiliser pour déconvoluer la réponse inflammatoire comme vue chez la population de macrophages résidents.

Publications choisies


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  • Fonseca GJ, Tao J, et. al. Diverse motif ensembles specify non-redundant DNA binding activities of AP-1 family members in macrophages. Nat Commun. 2019 Jan 24;10(1):414. PMID: 30679424.

  • Lopez-Ramirez MA, Fonseca G, et. a. Thrombospondin1 (TSP1) replacement prevents cerebral cavernous malformations. J Exp Med. 2017 Nov 6;214(11):3331-3346. PMID: 28970240.

  • Sajti E, Link VM, Ouyang Z, Spann NJ, Westin E, Romanoski CE, Fonseca GJ, Prince LS, Glass CK. Transcriptomic and epigenetic mechanisms underlying myeloid diversity in the lung. Nat Immunol. 2020 Feb;21(2):221-231. PMID: 31959980.