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angle-left Swneke Bailey, Ph. D.

Scientifique junior, IR-CUSM, site Glen

Programme de recherche sur le cancer

 

Mots-clés


Genomics • epigenetics • bionformatics • gene regulation • cancer

Aire de recherche


L’objectif principal de mon programme de recherche est d’améliorer la survie des patients atteints du cancer de l’estomac et de l’œsophage. Nous nous concentrons sur la compréhension du rôle des mutations somatiques codantes et non codantes et les changements de l’aspect de la chromatine dans la progression de ces cancers vers la métastase. De plus, nous développons des approches bioinformatiques afin d’interpréter la fonction des changements génomiques non codants des éléments régulateurs lors des phases d’initiation et de progression du cancer.

Publications choisies


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  • Mehdi T, Bailey SD, Guilhamon P, Lupien M. C3D: a tool to predict 3D genomic interactions between cis-regulatory elements. Bioinformatics. 2018. (in press).

  • Bailey SD, Desai K, Kron KJ, Mazrooei P, Sinnott-Armstrong NA, Treloar AE, et al. Noncoding somatic and inherited single-nucleotide variants converge to promote ESR1 expression in breast cancer. Nat Genet. 2016;48(10):1260-6. PMID: 27571262.

  • Bailey SD, Virtanen C, Haibe-Kains B, Lupien M. ABC: a tool to identify SNVs causing allele-specific transcription factor binding from ChIP-Seq experiments. Bioinformatics. 2015;31(18):3057-9. PMID: 25995231.

  • Bailey SD, Zhang X, Desai K, Aid M, Corradin O, Cowper-Sal Lari R, et al. ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nat Commun. 2015;2:6186. PMID: 25645053.

  • Zhang X, Bailey SD, Lupien M. Laying a solid foundation for Manhattan--'setting the functional basis for the post-GWAS era'. Trends Genet. 2014;30(4):140-9. PMID: 24661571.