Mots-clés

functional genomics • systems biology • bioinformatics • gastro-esophageal cancer • drug resistance • extracellular vesicle • autophagy

Aire de recherche

Tout au long de ma carrière, j'ai concentré mes efforts sur la génération et l'intégration de données de génomique fonctionnelle afin de proposer de nouvelles hypothèses pour la validation expérimentale ou de nouveaux biomarqueurs cliniques. Au cours de ma formation de premier cycle, j'ai développé une méthode de comparaison de séquences pour classer les protéines en fonction de leur structure. Mes recherches doctorales ont porté sur des méthodes de criblage à haut débit telles que la spectrométrie de masse et l'ARN-seq pour étudier les vésicules extracellulaires, ce qui a conduit à la création de la base de données EVpedia. Dans mon travail postdoctoral, j'ai exploré les interactions protéine-protéine pour comprendre les mécanismes des maladies humaines, en contribuant à l'Interactome humain de référence (HuRI) et en identifiant les interactions entre le SARS-CoV-2 et les protéines de l'hôte. Aujourd'hui, en tant que chercheur principal, je cherche à appliquer les outils de la génomique fonctionnelle à la médecine de précision, en me concentrant sur de nouvelles combinaisons de médicaments pour lutter contre la résistance thérapeutique dans le cancer gastro-œsophagien. Mon expérience de la direction de grandes équipes et mes compétences administratives efficaces soutiendront mes efforts pour identifier de nouveaux biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques.

Publications choisies

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• Kim DK*, WellerB*, Lin CW*, Sheykhkarimli D*, Knapp JJ*, Dugied G*, …, Demeret C#, Vidal M#, Calderwood MA#, Roth FP#, Falter-Braun P#. A proteome-scale map of the SARS-CoV-2 human contactome. Nat Biotechnol. 2023 Jan;41(1):140-149.

• Luck K*, Kim DK*, Lambourne L*, Spirohn K*, …, Tavernier J#, Hill DE#, Vidal M#, Roth FP#, Calderwood MA#. A reference map of the human binary protein interactome. Nature. 2020 Apr;580(7803):402–8. PMCID: PMC7169983.

• Kim DK*, Lee J*, …, Gho YS. EVpedia: A community web portal for extracellular vesicles research. Bioinformatics. 2015 Mar 15;31(6):933–9. PMCID: PMC4375401.

• Lim HJ*, Yoon H*, Kim H*, Kang YW, Kim JE, Kim OY, Lee EY, Twizere JC, Rak J#, Kim DK#. Extracellular vesicle proteomes shed light on the evolutionary, interactive, and functional divergence of their biogenesis mechanisms. Front Cell Dev Biol. 2021 Oct 1;9:734950. PMCID: PMC8517337.

• Yu J*, Sane S*, Kim JE*, Yun S*, Kim HJ, Jo KB, Wright JP, Khoshdoozmasouleh N, Lee K, Oh HT, Thiel K, Parvin A, Williams X, Hannon C, Lee H#, Kim DK#. Biogenesis and delivery of extracellular vesicles: harnessing the power of EVs for diagnostics and therapeutics. Frontiers in Molecular Biosciences. 2024 Jan 3:10:1330400. (Cited 1 time; PMID: 38234582; PMCID: PMC10791869).